Команда Save (Сохранить) сохраняет сеточный файл в текущем файле текущего каталога. Если Вы корректировали узлы сети, то выполненные Вами изменения записываются в исходный сеточный файл. При этом оригинальная копия будет потеряна. Вы можете воспользоваться командой Save As (Сохранить как) и указать другое имя для Вашего файла. Тогда исходная версия файла не будет переписана.